Ołtarz główny w bazylice
Obraz : Przedstawia scenę męczeństwa św. Stanisława Biskupa oraz jego triumf (apoteozę), to obraz przedstawiający św. Michała Archanioła (patrona świątyni) strącającego Lucyfera do piekieł. Obraz namalował wybitny osiemnastowieczny malarz Tadeusz Kuntze (zwany Koniczem) około 1758 roku. Dzieło zostało ufundowane przez biskupa Andrzeja Kostkę Załuskiego.
Elementy dekoracyjne: U szczytu ołtarza znajduje się złocona płaskorzeźba ilustrująca zabójstwo świętego przez króla Bolesława Śmiałego.
Wystrój: Całość wpisuje się w bogaty, barokowy charakter świątyni, w której pobliżu znajduje się także słynna konfesja (ołtarz-grobowiec) świętego oraz zabytkowe stalle chórowe i ambona.
**
Ołtarz boczny św. Stanisława Biskupa i Męczennika w krakowskim Kościele na Skałce to jedno z najważniejszych miejsc kultu w całej świątyni. Znajduje się w lewej (północnej) nawie bocznej i jest bezpośrednio związany z historią męczeństwa patrona Polski. Ołtarz powstał w latach 1745–1746. Został wykonany z charakterystycznego, czarnego marmuru dębnickiego przez kamieniarzy Tomasza Góreckiego oraz Kazimierza Stachowskiego z Czernej. W centrum ołtarza umieszczony jest XVII-wieczny obraz przedstawiający św. Stanisława w stroju biskupim. Postać ukazana jest z odkrytą głową, w której tkwi miecz – symbol sposobu jego uśmiercenia. Przed świętym widoczne są insygnia biskupie: infuła oraz pastorał. Elementy takie jak suknia, miecz, pastorał i infuła pokryte są ozdobnymi, metalowymi sukienkami. Płaskorzeźba Piotrowina: W dolnej części ołtarza (w antepedium) znajduje się płaskorzeźba ilustrująca jedną z najbardziej znanych legend związanych z biskupem – wskrzeszenie rycerza Piotrowina, który miał poświadczyć przed królem o uczciwym zakupie ziemi przez świętego. Nad tą sceną widnieje inskrypcja: „Święty Stanisławie módl się za nami”. Pieniek męczeński: Najważniejszą relikwią związaną z ołtarzem jest wbudowany w niego, zabezpieczony metalową kratą, drewniany pień (pieniek). Według tradycji i przekazów historycznych, to właśnie na tym pniu król Bolesław Śmiały (lub jego siepacze) poćwiartował ciało biskupa Stanisława w 1079 roku. Ślady krwi na drewnie otaczane są przez wiernych szczególną czcią.**
Sadzawka św. Stanisława znajduje się na dziedzińcu Klasztoru Paulinów na Skałce w Krakowie (ul. Skałeczna 15). W jej środku stoi barokowa figura biskupa z 1731 roku, a kamienna obudowa pochodzi z lat 1683–1689. Historia i legenda
Męczeństwo:
Według tradycji w 1079 roku król Bolesław Śmiały zabił na Skałce biskupa Stanisława ze Szczepanowa.
Legenda o orłach: Według podań poćwiartowane ciało świętego wrzucono do sadzawki, a orły przez trzy dni czuwały nad szczątkami, które miały cudownie zrosnąć się w całość.
Właściwości wody: Woda z sadzawki od wieków uważana jest przez wiernych za uzdrawiającą, szczególnie na choroby oczu i skóry.
Architektura Obudowa: Barokowa kamienna rama powstała z inicjatywy biskupa Jakuba Zadzika w latach 1683–1689.
Rzeźba: Centralna figura św. Stanisława została dodana w 1731 roku.
Tradycja: Co roku w maju z Wawelu na Skałkę wyrusza uroczysta procesja ku czci św. Stanisława.